Przestrzenne interakcje pomiędzy enhancerami a promotorami (E–P) stanowią fundamentalny mechanizm regulacji aktywności genów. Zrozumienie ich ewolucji, zwłaszcza w kontekście różnic i unikalnych cech człowieka, pozostaje istotnym wyzwaniem. W odpowiedzi na tę potrzebę, prezentujemy enhancer3D – pierwszą, według naszej wiedzy, ogólnodostępną bazę danych gromadzącą zestawy trójwymiarowych modeli chromatyny dla genomów archaicznych (neandertalczyków, denisowian) oraz współczesnych ludzi. enhancer3D umożliwia porównawczą analizę profili przestrzennych odległości E–P zarówno pomiędzy różnymi liniami ewolucyjnymi, jak i pomiędzy kluczowymi liniami komórkowymi człowieka (GM12878, HFFc6, H1-ESC). Platforma ta ułatwia nowe badania nad tym, jak warianty strukturalne i zmiany ewolucyjne wpływają na regulację genów poprzez modyfikacje trójwymiarowej konformacji chromatyny. Baza oferuje intuicyjny interfejs internetowy z wbudowanymi narzędziami wizualizacyjnymi, w tym zintegrowaną przeglądarką genomową IGV oraz modułem NGL do interaktywnej eksploracji modeli 3D. Wszystkie modele i zbiory danych są dostępne bezpłatnie pod adresem: https://3dgnome.mini.pw.edu.pl/enhancer3D/.